A Educação Física na Escola Miguel Arcanjo se constitui de jogos escolares, individuais e coletivos, ritmos e elementos de ginástica. Contemplando a idade das crianças, a escola tem como objetivo a vivência das mesmas, respeitando sua individualidade corporal, motora e física, trazendo com isso atividades lúdicas sem cobranças de alto rendimento e competitividade, mas sim a descoberta de limites e tempo, superação de desafios e trabalho em equipe. Os jogos são divididos em circulares, individuais e coletivos. Além dos principais jogos e esportes contemplados pelo cenário nacional, a Educação Física da Escola Miguel Arcanjo contempla também a Ginástica Bothmer, a chamada Ginástica da escola Waldorf da Alemanha, que tem em sua essência a Antroposofia, e propõe a busca do desenvolvimento humano por inteiro, respeitando o tempo e o espaço de cada um.